При удачной настройке iptables nginx попросту блокирует атакующие адреса и они не нагружают системные ресурсы сервера, ну а для решения серьезных проблем нужная хорошая аппаратная защита. Могу порекомендовать ребят из Simplyway. отлично справляются с ддос атаками
Властитель слабый и лукавый, Плешивый щеголь,враг труда, нечаянно пригретый славой Над нами царствовал тогда Его мы очень смирным...